Izgradnja ovog hrama počela je 6. avgusta 1896. godine. Kamen temeljac crkve postavio je Dionisije, tadašnji mitropolit Raško-prizrenski. Zidanje samog hrama teklo je sporo i sa čestim prekidima. Konačno, crkva je završena polovinom 1921. godine, a osvešćenje je je 17. jula 1921. godine obavio vladika Raško-prizrenski Mihailo. Projekat hrama izradio je ugledni profesor Beogradskog univerziteta Andra Stevanović, a na izgradnji su radili čuveni majstori iz Velesa, dok je zidove oslikao Dimitar Paprdiški.
Hram je stradao u Martovskom pogromu 2004. godine. Radovi na obnovi počeli su 2014, a prva liturgija služena je 11 godina nakon pogroma.
Danas, hram živi redovni liturgijski život. Otac Nenad Stojanović sa porodicom jedina su srpska porodica koja danas živi u Južnoj Mitrovici. Crkvu i dalje čuva Kosovska policija.